※ 2025年臺日簽署協定
2025年12月4日於台北簽署2項備忘錄
1.臺日數位貿易協議（原臺日電子商務合作協議）
2.臺日地區海關合作備忘錄
※ 2024年臺日簽署協定
2024年12月18日及19日於東京簽署2項備忘錄
1.入出境管理事務資訊共享合作備忘錄
2.臺日植物新品種審查合作備忘錄
※ 2023年臺日簽署協定
2023年12月12日及13日於台北簽署2項備忘錄
1.臺日有關地區海關合作備忘錄
2.臺日間加強鐵路業務交流及合作瞭解備忘錄
2023年1月13日及3月16日於東京簽署2項備忘錄
1.臺日海洋廢棄物應處合作備忘錄
2.臺日關於法務及司法領域之交流與合作備忘錄
※ 2022年臺日簽署協定
2022年2月18日於臺北及東京簽署2項備忘錄
1.臺日間關於強化青少年交流備忘錄
2.臺日有關海關分支單位合作備忘錄
※ 2019年臺日簽署協定
2019年10月30日於東京簽署4項備忘錄
1.臺日專利審查高速公路（PPH）相互合作備忘錄
2.臺日設計專利優先權證明文件電子交換相互合作備忘錄
3.臺日環境保護交流與合作瞭解備忘錄
4.臺日間促進進出口有機食品合作備忘錄
2018年11月30日於臺北簽署5項協議
1.臺日優質企業相互承認協議
2.臺日醫療器材品質管理系統合作備忘錄
3.臺日檔卷資訊交換相互合作備忘錄
4.臺日中小企業支援及促進中小企業合作備忘錄
5.臺日年輕研究者共同研究事業實施備忘錄
一、2017年11月22日於東京簽署2項協議
1.臺日關務合作及互助協定
2.臺日文化交流合作瞭解備忘錄
二、2017年9月21日以換文方式簽署1項協議
修正2014年11月20日簽署之臺日核能和平利用之核能與輻射安全管制合作備忘錄
2016年11月30日於臺北簽署2項協議
1.臺日強化產品安全領域之交流與合作備忘錄
2.臺日語文教育交流合作備忘錄
2015年11月26日於東京簽署3項協議
1.臺日避免所得稅雙重課稅及防杜逃稅協定
2.臺日競爭法適用瞭解備忘錄
3.臺日強化災害防救業務交流合作備忘錄
2014年11月20日於台北簽署5項協議
1.臺日觀光事業發展加強合作備忘錄
2.臺日核能管制資訊交流備忘錄
3.臺日專利程序上微生物寄存相互合作瞭解備忘錄
4.臺日有關入出境管理事務及情資交換暨合作瞭解備忘錄
5.臺日互免打工度假簽證費用(同年11月27日換函)
一、2013年11月5日於台北簽署5項協議
1.臺日電子商務合作協議
2.臺日優先權證明文件電子交換合作備忘錄
3.臺日藥物法規合作框架協議
4.臺日鐵路交流及合作備忘錄
5.臺日海上航機搜索救難合作協議
二、2013年11月28日於東京簽署1項協議
臺日金融監理合作瞭解備忘錄