臺日基於雙方共識，同意每年召開一次「臺日海洋事務合作對話會議」全體會議，另依據需要可在雙方同意下，就個別議題召開工作小組會議。
在此共識下，第一屆「臺日海洋事務合作對話會議」於10月31日在東京召開，我方由外交部亞東關係協會、行政院海岸巡防署、行政院農業委員會漁業署、科技部及國家安全會議相關人員組團與會，日方由交流協會、外務省、海上保安廳、水產廳及文部科學省等機關人員出席。日本交流協會會長大橋光夫及亞東關係協會會長邱義仁分別致詞，強調臺日間具深厚的相互信賴關係，彼此係重要的夥伴，期待雙方在此基礎上共同努力，共創新時代的臺日關係。
會議自上午9時至下午5時止，雙方依序就漁業合作、海上搜救合作、海洋科技合作等議題進行討論。
在有關漁業合作議題，我代表團主張我漁船有權在「沖之鳥」海域作業、抗議日方扣捕我東聖吉16號等漁船及盼索回該漁船遭日方沒收之訴訟保證金，日方則重申其擁有「沖之鳥」專屬經濟海域立場。
雙方同意第二屆「臺日海洋事務合作對話會議」於明年在臺召開，並就海洋科學調查及漁業合作設置工作小組會議。